目前，我国企事业单位ISO14001认证环境保护机构的设置，主要有以下三种形式。
1、单独设立环境保护机构，配有专人负责环境保护工作。
2、合并在有关业务部门中，通常与生产，安全，技术管理机构设在一起;
3、指定有关人员或机构兼管ISO14001认证环境保护工作。
近几年来，我国企事业单位普遍设立了环保处(科)或安技环保处(科)，在技术改造、开展综合利用;防治工业污染。加强企事业自身ISO14001认证环境保护工作等方面发挥了重要作用，起到了国家环境保护监督管理部汀的得力助手的作用。
但是，从另一个方面看，目前许多企事业单位的ISO14001认证环境保护机构还不够健全；人员编制不足，环境管理人员素质也有待进一步提高。因此，在建立区域ISO14001环境管理体系的过程中，引导各单位建立健全区内企事业单位的环境保护机构，强化对企事业环境管理人员的培训，不断提高他们的环境意识和环境法制观念，提高业务水平和管理水平，是一个重要的机遇。

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