ISO14001认证标准申要求建立程序的条款，应用文件将活动或过程的程序描述清楚，不一定单独建立程序文件，也可以将ISO14001环境管理体系的程序与其他管理体系的程序合并，用一个总程序描述两个体系的过程。
ISO9001: 2008标准中有6 个条款要求建立形成文件的程序，这6个条款是：4.2.3文件控制;4.2.4 记录控制;8.2.2 内部审核;8.3不合格品控制;8.5.2纠正措施;8.5.3预防措施。
ISO14001: 2004 标准中有12 个条款要求建立程序，这12个条款是：4.3.1环境因素;4.3.2法律法规和其他要求;4.4.2能力、培训和意识;4.4.3信息交流;4.4.5文件控制;4. 4. 6 运行控制 (要求建立形成文件的程序);4.4.7应急准备和响应;4.5.1监测和测量;4.5.2合规性评价;4.5.3不符合、纠正措施和预防措施;4.5.4记录控制;4.5.5内部审核。
ISO9001: 2008标准要求建立的程序一定要形成文件，而ISO14001: 2004标准中仅4. 4. 6 条款要求某些运行控制应建立程序文件，其余条款要求建立程序，也就是说两个标准申要求应建立程序文件的地方一定要编写程序文件；质量管理体系申至少应建立6个程序文件，环境管理体系中至少有1个程序应形成文件 (通常有几个重要环境因素，应制定几个运行控制程序文件)，但两标准中有6个条款建立程序的要求基本相同，即文件控制、记录控制、内部审核、不合格控制 (包括应急准备和响应)、纠正措施、预防措施，所以在质量与环境的综合管理体系中至少应建立7个程序文件 (包括环境管理体系中至少1个运行控制程序文件)。ISO14001标准中要求应建立程序，但未明确要求建立程序文件的条款，可以建立程序文件，也可在手册中纲领性地插述该程序的要求。建议此类条款最好与质量管理体系相对应的条款合并在一起建立综合的程序文件。

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