由于组织是按照ISO14001认证标准建立的环境管理体系，应用该标准建立的一个文件化的管理体系，就是说应把标准要求应做的事，用文件阐述组织如何去做。ISO14001认证标准第4 章中就是对组织建立环境管理体系提出的要求，所以，对于ISO14001认证文件的审核，就是审核组织编制的环境管理体系文件内容是否阐述了该标准第4 章所有要素中的各项要求。与标准符合性"的文件审核主要审核手册 (若编写了手册)、程序文件、环境方针和目标、环境实施方案是否按标准要求制定。
进行ISO14001认证文件的审核人员应熟悉并理解该标准中每一条款的内容，且应具备灵活应用该标准的能力，不能对照标准条款，生搬硬套。另外，如果建立的是综合管理体系，审核文件的人员既要理解并熟悉其他管理体系标准的内容，又应掌握其他管理体系标准的条款要求与环境管理体系标准条款要求的对应关系，有时往往该标准的某一条款对应其他管理体系标准中的某几个条款的内容，例如，ISO14001标准中4.5.1监测和测量条款对应ISO9001：2008标准中7.6 监视和测量装置的控制、8.2.3 过程的监视和测量、8.2.4 产品的监视和测量、8.4数据分析。在综合管理体系文件中，可能需要将环境管理体系的4.5.1条款分为几部分写，在审核环境管理体系文件时，应熟知该标准条款要求的哪方面内容应在综合管理体系文件的什么章节描述。在文件与标准符合性的审核方面，对审核人员在相关标准内容理解方面的素质要求较高，如果组织的内审员中没有具备这方面能力的人员，建议聘请相关咨询机构人员或国家注册审核员对建立的管理体系文件进行审核。

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