现场审核按照ISO9001认证审核方式的不同，可以分为：按部门审核方式和按条款审核方式。
1、按部门审核方式。
这种ISO9001认证现场审核方式是以部门为单位进行审核，强调质量体系组织机构的职能，比较容易掌握各部门质量管理体系的实施情况，审核时间集中，效率较高，对受审核方正常工作影响较小，ISO9001认证检查表也是按部门来编写的;缺点是审核分散，条款的覆盖可能不够全面，但目前采用比较多。
2、按条款审核方式。
这种方式是以ISO9000认证的新版标准条款为线索进行审核，即针对同一条款的不同环节而到各个部门进行审核，以便得到该条款的审核结论。其特点是目标集中、判断清晰，能较好掌握体系中各个条款的实施情况;缺点是审核效率低，对受审核方正常工作影响较大，各个部门往往要重复接受多次审核。
一般情况下，ISO9001认证现场审核大多采用按部门审核方式;在重点追踪某一条款的实施情况时，又采用条款审核方式。

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