严重不符合项是严重不满足ISO9001认证标准及相关法律法规要求，可能导致质量管理体系或过程失控，产品质量下降，可能会产生严重后果。主要有以下表现：
1、体系运行拙现系统性失效。即受审核部门在多处、多个过程或较长时间内存在着多个同一类型的ISO9001认证一般不符合，此时这多个一般不符合由量变发展为质变而构成一个严重不符合。例如：ISO认证审核中发现许多部门均未按培训计划实施培训，或与设计过程有关的各个部门都存在着文件失控的情况、产品设计各阶段对多个设计项目都未实施设计的评审，验证和确认等，均可判为严重不符合。
2、体系运行出现区域性失效。例如某一部门中有关条款的全面失效。例如一个仓库缺少明确的物品保管制度。账卡、物不一致，标识混乱，出入库单据不全，不合格的物品也混放在合格品中。未执行企业自己规定的先进先出的原则。房顶漏雨，仓库内没有防火、防盗设施等，此时这多个一般不符合也构成一个ISO9001认证严重不符合项，即该仓库管理存在着严重的失控状态。再比如：一个采购供应部，没有制定原材料、零部件等采购要求、验收标准，也不评定供方，每次采购产品的供方都不一样，随意性很大，采购人员都是老板的关系，没有什么学历，也从来不参加相关培训，采购完毕采购清单就扔掉了，货物进来也不检验，质量记录不全，职责不清等，存在诸多的不符合，部门管理失控等，这些均可判为ISO9001认证严重不符合项。
3、不符合的事实造成严重的后果。例如，压力容器焊接达不到要求，焊缝末进行探伤试验，实际工作压力大大低于设计压力，使用时产生泄露、爆炸事故，造成重大安全事故并造成人员伤亡，此时一项这样的不符合即构成了严重不符合。再比如：按规定组织应每隔12个月进行一次管理评审，而自从取得ISO9001认证证书以来已过了36个月，但是从未进行过一次管理评审等。

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