ISO9001质量管理体系中的组织结构完全不同于行政的组织机构。这是本人从事ISO9001认证、培训、咨询和研究15年来的重要心得。通常它可用质量管理体系的组织结构图来描述，应当指出，受以往推行TQC(当时译为全面质量管理)的影响，
1、一些组织至今仍然按ISO9001质量管理的三级网络绘制质量管理体系的组织结构图。据本人的经验，大凡搞这种模式的，其质量管理体系组织结构是模糊的、松散的，因而发挥的作用很有限，甚至是形同虚设。因为只靠专职和兼职的质量管理人员抓质量是远远不够的，必须强调各层次的主要领导(一把手) 的质量职责相作用。质量管理体系的组织结构是质量管理体系有效运行的组织保证，因此，按ISO9001认证标准建立和完善质量管理体系的一个重要前提是，建立一个明确而强有力的质量管理体系的组织结构。
2、质量职能和职责
在质量管理领域，会经常遇到将职能和职责混为一谈的情况;质量职能是对质量管理的任务而言，而职责则是对管理者的责任而言。因此，职能可以落实到行业、企业、部门，团队。而职责必须落实到人。
3、各个业务系统的主管领导的质量职责
应在ISO9001质量管理体系中赋予分管各项业务的高层(公司级)以充分的质量职责，要明确他们不只单纯管业务，而且是各个分系统的质量管理体系运行的负责人。本人见到了众多企业的ISO9001质量管理体系的组织结构图中，没有公司级分管业务酌领导的方框。这样削弱了这些领导的质量职责，是很不利的。
4、职责、权限和相互关系
在ISO9001质量管理体系的组织结构安排中，必须做到职责和职权对等，有责有权。这种授权必须足以保证其履行质量职责的需要。当前的主要错误倾向是授权模糊且不充分。在众多组织的质量手册中的职责规定一般较清楚，而对权限则一笔带过，甚至未涉及，因而极大地影响了ISO9001质量管理体系的运行效率。在质量手册中，只需对与质量有关的中层以上的正职管理者规定其职责、权限和相互关系即可。对于其他所有岗位的员工，则宜引用岗位责任制的有关文件。

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